الهيكل التنظيمي :
يرتبط مركز الدراسات المائية بوكيل الجامعة للدراسات العليا و البحث العلمي .
يتكون المركز من الأجهزة التالية :

• مجلس إدارة المركز.
• مدير المركز .
• أقسام المركز الأكاديمية .
• مكتبة المركز وبنك المعلومات.
• وحدة الشؤون الإدارية والمالية.