يقوم قسم العيون في بداية كل سنة أكاديمية باستقبال عدد من أطباء الزمالة حيث يقضون مدة الزمالة وعلى مدار أربع سنوات يدرسون خلالها جميع التخصصات الدقيقة في قسم العيون بالإضافة للتخصص العام في طب وجراحة العيون.
ويقوم القسم في الشهرين الأولين من بداية السنة الدراسية ابتعاث الطلاب لدراسة مادة العلوم الأساسية في طب وجراحة العيون ويحضرها الأطباء المقيمون في السنة الأولـى من التخصص وغيرهم من أطباء العيون في كافة أنحاء المملكة.

كما يقوم أعضاء هيئة التدريس في القسم بإعطاء محاضرات علمية متخصصة في طب وجراحةالعيون ذات مستوى متقدم في أمراض القرنية والشبكية وأمراض عيون الأطفال والحول وأعصاب العين والجراحة التجميلية والعيوب الإنكسارية للعين إلى جانب الحلقات الإكلينيكية والتعليم المستمر وبشكل دوري للأطباء المقيمين في غرف الفحص وغرف العمليات.

يعتبر برنامج زمالة جامعة الملك فيصل في طب وجراحة العيون فخر لأعضاء الهيئة التعليمية في هذا القسم. حيث أنّ مدته ( 48 ) شهراً في التدريب الأكلينيكي المستمر إلـى جانب التدريب على الجراحة المجهرية في غرف العمليات , ويعتبر البرنامج من أنجح البرامج التدريبية وذلك للأسباب التالية:

1. يعمل البرنامج على تخريج أطباء أكفاء في جميع تخصصات طب العيون.
2. يصبح الأطباء المتخرجون من هذا البرنامج ذوي خبرة وكفاءة في التشخيص وفي الجراحة الدقيقة للعين واتخاذ القرارات السريعة والصحيحة في العلاج والجراحة.
3. يتمكن الطبيب خلال فترة التدريب من إجراء الأبحاث التي توسع معرفته في مجال عمله وتخصصه وتساعده في اتخاذ القرارات الحاسمة في علاج المرضى وبذلك يصبح مهيئاً للانضمام للهيئة الأكاديمية والتعليمية.

وقد يشارك بعض المستشفيات بالمشاركة في تدريب هؤلاء الأطباء مثل ( مستشفى الملك خالد التخصصي لطب العيون).