تولي جامعة الملك فيصل اهتماما خاصاً بالبحث العلمي، فهو الركيزة الثانية للجامعة بعدالتدريس، وهو رافد من روافد الإبداع الذي تتميز به الجامعة، وتسهم به في إثراء الفكر الإنساني في مختلف ح قول المعرفة، وتمتد من خلاله إلى المجتمع وقطاعاته المختلفة الجامعة، وتسهم به في إثراء الفكر الإنساني في مختلف حقول المعرفة، وتمتد من خلاله إلى المجتمع وقطاعاته المختلفة، ومؤسسات البحث العلمي المحلية والإقليمية والعالمية من أجل توسيع نطاق التعاون وتبادل الخبرات والاستشارات والمعلومات، و ولقد حرصت الجامعة منذ نشأتها على أن يكون لها مراكز بحوث ودراسات علمية متخصصة، تم تجهيزها بالمختبرات وأجهزة البحث العلمي المتقدمة، وتزويدها بالفنيين من ذوي المهارات والكفاءات العالية، مما جعل هذه المراكز محوراً للنشاط العلمي والبحثي الذي يقوم به أعضاء هيئة التدريس وطلاب الدراسات العليا والباحثون بالجامعة وأقسامها الأكاديمية. من هنا جاءت فكرة إنشاء مركز الدراسات المائية ليكون أحد المراكز البحثية المتخصصة في إجراء البحوث المتعلقة بالموارد المائية من حيث المصادر والكم والنوع وعلاقتها بالموارد الأخرى مثل التربة والزراعة وكذلك دراسة المشاكل البيئية مع تقديم البرامج التدريبية والتأهيلية في هذا المجالات.
ولقد أنشئ المركز في تاريخ: 1402/7/09هـ، بناءا على موافقة معالي مدير الجامعة بتوصية من المجلس العلمي بجلسته الحادية عشر بقرار رقم: م/1664 والمنعقدة بتاريخ 1402/05/22هـ، لتكون مهمة المركز الرئيسية تقديم برامج دراسية وبحثية واستشارية وتدريبية في جميع مجالات علوم المياه والعلوم المتعلقة بها، ليخدم بذلك المملكة والدول المجاورة.