يقوم قسم الأنظمة التطبيقية بدعم و تطوير الأنظمة الداخلية للجامعة من خلال استخدام أحدث التكنولوجيا البرمجية و التي تتوافق مع طبيعة العمل و التي أتاحت أتممت العمليات الإدارية والمالية والأكاديمية في الجامعة ، وتتكون الأنظمة الجامعية من مجموعة من الأنظمة هي :-
- نظام سجلات الطلاب (بانر)
- نظام سجلات الطلاب (القديم)
- نظام المكافآت
- النظام المالي
- نظام شؤون الموظفين
- نظام الاتصالات الإدارية
- نظام المشتريات
- نظام المستودعات
- نظام خدمة المجتمع
- نظام المبتعثين
- نظام المجلس العلمي
- نظام متابعة البحوث العلمية
- نظام أمانة مجلس الجامعة
- نظام التدريب الصيفي
- نظام الخزانات
- نظام الأمن والسلامة
- نــظـام الهيــكلة الإداريــة
ويتم تنفيذ العديد من التطويرات على الأنظمة بناءً على رغبات الجهات المستفيدة من قبل فريق التطوير في قسم الأنظمة التطبيقية.