تختص هذه الادارة بموجب اللائحة المنظمة للشؤون المالية في الجامعات الصادر بقرار مجلس التعليم العالي رقم 6/2 في 11/6/1416هـ ويوجد بالجامعة مراقب مالي داخلي ومساعد مراقب مالي تم تعيينهما من قبل مجلس الجامعة الموقر وهما يختصان بالتحقق من أعمال الصرف والتحصيل تسير طبقاً لنظام مجلس التعليم العالي والجامعات وماورد في هذه اللائحة ، ومن أعمال هذه الإدارة مايلي  :

1- مراجعة أذون الصرف الخاص بالصرف من اعتمادات ميزانية الجامعة للباب الأول والباب الثاني والباب الثالث والباب الرابع ، والتوقيع عليها وعلى الحوالاات وأوامر الدفع وأذون التسوية الخاصة بالايرادات وتسوية السلف المستديمة والمؤقتة وفقاً للتعليمات .
2- مراجعة السجلات المحاسبية مرة كل ثلاثة أشهر والتأكد من أن جميع القيود المحاسبية قد تمت وفقاً لاحكام اللائحة المنظمة للشؤون المالية بالجامعات والقواعد المحاسبية المتعارف عليها .
3- فحص العهد والامانات بصفة دورية كل ثلاثة اشهر للتأكد من عدم بقاء مبالغ في هذين الحسابين دون مبرر.
4- التأكد من تطبيق قواعد المستودعات الحكومية والاشراف على عملية الجرد وسلامة اجراءاته.
5- التحقق من أن كافة أموال الجامعة المنقولة والثابتة تستعمل في الاغراض التي خصصت من اجلها ، وان لدى الادارات المعنية من اجراءات مايكفل سلامة هذه الاموال وحسن استعمالها واستغلالها.
6- مراجعة مستندات الصرف من حساب عائدات قيام الجامعة بالبحوث والدراسات والخدمات العلمية وفقاً للمادة ( 47 ) من اللائحة المنظمة للشؤون المالية بالجامعات.
7- مراجعة مستندات الصرف الخاصة بكلية الدراسات التطبيقية وخدمة المجتمع والتوقيع عليها.
8- مراجعة مستندات الصرف من حساب التبرعات والمنح والوصايا والاوقاف الخاصة بالجامعة.
9- فحص ومراجعة السجلات الخاصة بالتبرعات والمنح والوصايا والاوقاف والحساب المستقل دوريا.