تسعى وكالة الجامعة إلى تحقيق عدد من الاهداف الاستراتيجية التي من شأنها المساهمة في تحقيق رؤية ورسالة الجامعة وفق قيمها ومبادئها، وتتلخص هذه الأهداف فيما يلي:

1. رفع مستوى الكفاءة المالية والأمنية والخدماتية في الجامعة والتكيف مع المستجدات ومواكبة التوجهات الوطنية.
2. تطوير بنية تحتية متينة للنظام الإداري والمالي.
3. رفع وتحسين مستوى وكفاءة الخدمات الادارية عن طريق تطوير التعاملات الالكترونية.
4. تطبيق معايير الجودة لرفع كفاءة العمل الإداري في إدارات الوكالة والعمل على استمرارية تطوير عملها.
5. تأهيل برامج الجامعة الواقعة ضمن مهام الوكالة لتحقيق معايير الجودة الشاملة ومتطلبات الاعتماد الأكاديمي.
6. وضع إطار تنظيمي لموارد الجامعة المالية يتسم بالشفافية.
7. ترشيد النفقات وتطوير السياسات والضوابط التي من شأنها رفع كفاءة النفقات ومتابعتها وإدارتها وتدقيقها وتحقيق التوازن المالي بالجامعة.
8. دعم مسيرة تنمية الإيرادات الذاتية للجامعة وتطويرها.
9. تطوير التعاون المستدام في مجال المشاريع والأمن والسلامة مع الجهات ذات العلاقة في المملكة، وتحقيق أفضل قيمة للشركاء.
10. تعزيز أداء الأمن السلامة.
11. تحقيق التميز في العمليات التشغيلية.
12. صناعة مناخ تنظيمي محفز على الإبداع والمشاركة.
13. تهيئة بيئة عمل إيجابية تشجع على الأداء وتعزيز جانب الانتماء للجامعة.
14. المساهمة في توفير بيئة تعليمية مناسبة من خلال توفير كافة المتطلبات التي تقع ضمن اختصاص الوكالة.
15. المساهمة في تبوء الجامعة مكانة عالمية تميزها في مجال التعليم والبحث والتطوير.
16. توفير بيئة سكنية جاذبة لأعضاء هيئة التدريس ورفع جودة الخدمة المقدمة لهم.