تتضمن مهام وصلاحيات الوكالة الإشراف الإداري والمالي على الإدارات، وتوجيه الموارد المالية وتحديد أولويات الصرف من خلال اللجنة الدائمة للشؤون المالية، ووضع التصور وإعداد ميزانية الجامعة العامة، والتنسيق والتواصل مع وزارة المالية بشأن الاحتياجات المالية للجامعة، والإشراف على المشاريع والصيانة والخدمات العامة في الجامعة، وعلى كل ما يتعلق بإدارة الوثائق والاتصالات الإدارية، والإشراف الإداري على قطاع خدمات النقل، والاشرف الإداري على سكن أعضاء هيئة التدريس.

وكذلك تشرف الوكالة على أعمال وأنشطة الإدارات والمراكز والوحدات المرتبطة والتوجيه بما يكفل النهوض بأعمالها، والعمل على توفير احتياجاتها ومتابعة أدائها على أفضل وجه، وما يضمن تحقيق الرؤية التي تسعى إليها وكالة الجامعة، وهي تقديم منظومة إدارية ومالية وخدماتية متميزة، وتوفير بيئة جامعية فريدة ومستدامة، لدعم مسيرة الجامعة نحو الريادة.