يهدف برنامج ماجستير التربية في الرياضيات الى إتاحة الفرصة لمدرسي ومدرسات الرياضيات في المدارس المتوسطة والثانوية للرقي بمستواهم التعليمي ومواكبة التطورات الحديثة ، بالإضافة إلى تلبية رغبة وزارة المعارف والرئاسة العامة لتعليم البنات للرقي بالمستوى العلمي لمدرسي ومدراسات الرياضيات ، كما يهدف البرنانج إلى تعميق روح البحث العلمي في العلوم الرياضية وتخريج كفاءات علمية قادرة على البحث العلمي في هذا المجال .