يعمل المركز على تنشيط عملية البحث العلمي و متابعة مايستجد في مجال ابحاث المياه والبيئة من خلال التعاون و الاتصال مع المراكز و المعاهد العاملة في هذا المجال على المستوى المحلي و العربي و الدولي:

التعاون الدولي:

• جامعة فلوريدا.
• جامعة اركنسا.​
• مركز الزراعة الملحية في دولة الأمارت العربية والمتحدة.
• منظمة الفاو المتحدة لعلوم الأغذية​.
  

التعاون الوطني:

• كلية الزراعة جامعة الملك فيصل.
  
• معهد البحوث والأستشارات بجامعة الملك فيصل.
  
• مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية.
  
• المؤسسة العامة للري.
  
• وزارة البيئة والمياه والزراعة.
  
• المؤسسة العامة لتحلية المياه.
  
• شركة سابك
  
• شركة نادك​
  

​​