يتكون قسم التنمية البحرية من 6 وحدات هي:
1. وحدة الشعاب الاصطناعية والبيئات القاعية
2. وحدة الطحالب والحشائش والعوالق
3. وحدة التنوع الأحيائي
4. وحدة الكيمياء البحرية
5. وحدة نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد
6. وحدة عمليات الغوص
ولتحقيق أهداف قسم البيئة البحرية تتبنى هذه الوحدات عدد من البرامج، مثل:
* برنامج تأهيل البيئات البحرية
* برنامج الكيمياء البحرية
* برنامج النمذجة البيئية
* برنامج البيئة الساحلية
قسم تربية الاحياء المائية:
يتكون من الوحدات التالية:
1. وحدة تربية الأحياء البحرية
2. وحدة تفريخ الأسماك والقشريات
3. وحدة تغذية الأسماك
4. وحدة أمراض الأسماك
5. وحدة تربية اسماك الزينة
6. وحدة جودة المياه
ولتحقيق أهداف قسم بربية الأحياء المائية تعمل وحداته ضمن عدة برامج، وهي:
* برنامج تغذية الأحياء المائية
* برنامج تربية النباتات البحرية
* برنامج سلامة الأسماك التجارية
قسم تنمية المصائد:
يتكون قسم تنمية المصايد من وحدتين هما:
1. وحدة المصايد
2. وحدة تقنيات الصيد
وتعمل الوحدتين على تحقيق أهداف قسم تنمية المصايد في إطار عدد من البرامج
وهي:
* برنامج حماية الموائل
* برنامج نظم الصيد
* برنامج تحسين المخزون
* برنامج إدارة أساسها النظام البيئي.
