تعود البذرة الأساسية لوكالة الجامعة إلى عام 1422 هـ حيث ارتأت الإدارة العليا للجامعة ونتيجةً للتوسع والتطوير الكبير الذي شهدته الجامعة بإنشاء مكتب للإشراف على الشؤون الإدارية والمالية بالجامعة وذلك للنهوض بالأعمال الإدارية والمالية بالجامعة ودفعها لتواكب التوسع الذي حدث في الجامعة، وقد مارس المكتب عمله بالإشراف على الشؤون الإدارية والمالية بالجامعة مما دفع العمل بالجامعة نحو المزيد من التقدم وإدخال العديد من الأنظمة الإدارية والمالية والتي كان لها الأثر في تحسين سير العمل.

ان وكالة الجامعة تسعى دائماً لدفع عجلة التقدم في تطوير النظام الإداري والمالي وكذلك العمل على تطوير سبل العمل في الإدارة العامة للمشاريع والصيانة والخدمات العامة وكذلك القطاع الأمني من أجل تحقيق طموحات وتطلعات الجامعة. وتضم الوكالة العديد من الإدارات والوحدات واللجان ويشرف عليها ذوي خبرات كفاءات عالية. كما تعتبر وكالة الجامعة العصب الحيوي والمهم والذي يساعد في بناء ودعم ومتابعة تنفيذ خطط الجامعة الاستراتيجية.