تهدف برامج الدراسات العليا في جامعة الملك فيصل، ضمن عدة أهداف، إلى تمكين الطلاب المتميزين من حملة الشهادات الجامعية من مواصلة دراستهم داخل المملكة. وتمثل الدراسات العليا في الجامعة إحدى السبل الرئيسية لإيجاد حلول للمشاكل التى يواجهها المجتمع. كما تعتبر الدراسات العليا ضرورية لإيجاد الباحث المتميز والقادر على إجراء وكتابة الأبحاث العلمية بالشكل الصحيح واستنباط النتائج المستخلصة من هذه الدراسات، وهذا ما لا يتوفر في مرحلة الدراسات الجامعية لمرحلة البكالوريوس. ولقد بدأ العمل ببرنامج الدراسات العليا بكلية العلوم الزراعية والاغذية عام 1404هـ الموافق 1984م في أربعة تخصصات هى:
و بحلول العام 1418هـ تطورت بعد ذلك برامج الدراسات العليا في الكلية لتشمل التخصصات التالية:
هذا وتجدر الإشارة إلى أنه تجرى الآن مراجعة كاملة لبرامج الماجستير وإعادة هيكلة تلك البرامج وإضافة برامج جديدة تتوائم مع المتطلبات الحالية لسوق العمل والمستجدات العلمية في التخصصات الزراعية المختلفة. حيث تم في عـــام 1435هـ إضــافة البرامج التالية:-
بالإضافة إلى أنه تعمل الكلية على خطة طموحة لإدخال برامج الدكتوراه في بعض التخصصات الهامة والتى من المتوقع إقرارها خلال الأعوام القادمة بإذن الله تعالى.
وقد عملت الوكالة ولازالت على زيادة الاهتمام بالدراسات العليا من قبل الكلية والجامعة بما يحقق أهداف الدراسات العليا وذلك من خلال:
جميع روابط المواقع الرسمية التعليمية في المملكة العربية السعودية تنتهي بـ sch.sa أو edu.sa